農事組合法人の設立手続きは、株式会社の設立と大きく類似していますが、定款認証や登録免許税が不要です。
加えて農業事業に対する事業税が非課税ですので、税制面での優遇があると言えます。
 
ただ組合員は農民が主体となりますし、メンバーに農業者がいない場合は設立は困難でしょう。
一般的には、集落営農や家族営農を法人化する場合に利用され、新規農業参入にはあまりなじみはありません。

農事組合法人の設立は、３人以上の農民が発起人となって、共同しての定款の作成（認証は不要）、理事の選任等を決議しなければなりません。
 
その後、出資組合の場合は組合員による出資の払込みを行い、法人設立のための登記申請をします。
 
設立登記完了後は、登記事項証明書および定款を添えて、行政庁（都道府県知事）に届出を行う必要があります。
 
以下、農事組合法人の設立までの流れになります。
 
 
 
１．事前準備
　　・農業委員会、農協等への事前相談
　　・発起人会の開催準備等
 
 
２．発起人会の開催
　　・３人以上の農民が発起人となること
 
 
３．事業目論見書の作成
　　・名称、事業の目的、事業計画、資金計画、収支計画、出資等の記載を行います
 
 
４．定款の作成
　　・発起人共同で行います
　　・認証の必要はありません
 
 
５．役員の選任
　　・組合員の中から選任しなくてはいけません
　　・役員定数の規定はなく、監査役の設置も任意です
 
 
６．出資の払込
　　・出資組合の場合
 
 
７．設立登記申請
　　・出資の払込より２週間以内に行います
　　・法務局に登記簿謄本と印鑑証明書の交付申請を行います
 
 
８．銀行口座の開設
　　・登記簿謄本と印鑑証明書が必要です
 
 
９．行政庁への届出
　　・設立登記から２週間以内に行います
　　・都道府県知事または農林水産大臣に対して、農事組合法人設立届けと添付書類を添えて提出します
　　・添付書類→登記簿謄本、定款の写し、事業計画書、発起人会議事録の写し
　　・登記申請日が会社の設立日になります
 
 
10．税務、労務関係の手続き
　　・一般の会社設立の場合と同じ届出が必要になります
 
 
11．事業報告
　　・毎事業年度の終了後３ヶ月以内に、農業委員会へ事業状況等の報告をしなければいけません